Un termine di ricerca non qualificato può far parte del tesauro (MESH) oppure può essere tratto dal linguaggio naturale.

Pubmed controlla automaticamente, nell'ordine, che il termine figuri:

- nel MESH (nonché tra i subheadings, i sinonimi, il metatesauro ovvero i termini medici espressi in lingue diverse dall'inglese, i nomi delle sostanze chimiche e relativi sinonimi);

- nell'elenco dei titoli delle riviste spogliate, considerati sia in forma estesa che abbreviata;

- in un nutrito elenco di "frasi" (espressioni di uno o più vocaboli) tratte dal MESH, dal metatesauro, dai titoli e dai riassunti degli articoli, dai nomi delle sostanze chimiche;

- tra i nomi degli autori di tutti gli articoli.

Se non vi sono risultati la ricerca prosegue su tutti i campi della base dati. Se si vuole sapere come il sistema ha tradotto una ricerca basta premere il pulsante contrassegnato dalla scritta Details e, se il browser supporta Javascript, si può contemplare in tutta la sua perfezione la "vera" stringa di ricerca del Pubmed.