Nel loro insieme i MESH formano un tesauro, ossia un elenco strutturato di descrittori controllati, che rappresenta il complesso di tutti i possibili soggetti che, in un dato momento, possono essere attribuiti ad ogni singola pubblicazione. Tale tesauro viene aggiornato periodicamente per seguire l'estensione della scienza medica e per adeguare i descrittori alla terminologia dominante. Ad esempio, all'inizio degli anni '90 la voce peritoneoscopy è stata mutata in laparoscopy e sono stati introdotti numerosi descrittori relativi ai trapianti. Anche i nomi delle sostanze chimiche vengono continuamente aggiornati.

I singoli descrittori sono legati tra loro da tre tipi di relazioni:

• di "equivalenza" (per cui un termine non accettato rinvia ad un altro accettato: peritoneoscopy vedi laparoscopy - ma negli anni '80 era l'inverso);
• gerarchica (un descrittore ne comprende altri più specifici ed è compreso in altri più generali, in una struttura ad albero alla quale si può applicare il meccanismo dell'esplosione);
• di affinità (allora si parla di richiamo, o vedi anche - in pratica si tratta di indicazioni che aiutano il ricercatore a inserire nella ricerca termini aggiuntivi che hanno un nesso semantico con il termine di partenza).

Oltre ai descrittori esistono quasi 800 tra subheadings e qualifiers (vedi oltre) e più di 100.000 voci supplementari comprendenti nomi di sostanze chimiche, numeri di registro [RN] del Chemical Abstracts Service e altre voci non comprese tra i descrittori principali.

Ogni articolo indicizzato (ovvero introdotto nel sistema) dai bibliotecari della National Library Of Medicine riceve un certo numero di descrittori MESH, anche più di dieci, che definiscono il suo intero contenuto semantico: in sostanza l'argomento dell'articolo è dato dalla sommatoria di tutti i soggetti così individuati.

Alcune di queste voci di soggetto o descrittori MESH hanno una particolare rilevanza e vengono indicate, nei record bibliografici, con l'asterisco (*). Queste voci si ricercano specificando come qualificatore [MAJR]. Basta provare due ricerche uguali, prima con [MH] e poi con [MAJR], per accorgersi della differenza, che può essere anche notevole per certi tipi di argomenti.

Ad esempio, se si cerca una tecnica chirurgica come la laparoscopy, la ricerca con [MH] dà molti più risultati di quella con [MAJR] in quanto quest'ultima seleziona solo quegli articoli in cui si discute prevalentemente della tecnica e delle sue applicazioni, controindicazioni, vantaggi, ecc., e non in generale dei casi in cui è stata adoperata in un certo numero di casi clinici.