Per salvare gli articoli interessanti, mano a mano che eseguiamo una ricerca, si può ricorrere al link alla clipboard. La clipboard, simile all'omonimo strumento di Windows, è lo spazio dedicato agli articoli selezionati durante la ricerca che vengono immagazzinati nella memoria del sistema remoto per poi essere elaborati tutti insieme alla fine della ricerca. L'aggiunta di uno o più articoli alla clipboard avviene selezionandoli uno a uno e poi premendo il pulsante add to clipboard. Nel caso di ricerche con molti risultati, se non si effettua alcuna selezione il sistema è in grado di memorizzare fino a 500 citazioni bibliografiche.

Le citazioni possono essere memorizzate liberamente durante la sessione di ricerca, col solo limite della loro perdita dopo un'ora senza interazioni col sistema.

Quando alcune citazioni sono state memorizzate nella clipboard è possibile esaminarle premendo il link clipboard presente nella homepage del Pubmed. E' anche possibile cancellare alcune delle citazioni memorizzate selezionandole e poi cliccando il pulsante remove from clipboard.